На основе договора о сотрудничестве между ОшГУ и Турецким фондом Дианет успешно окончившие выпускники факультета с 1998 года повышают свои знания в магистратурах Анкарского Университета, Первые выпускники магистратуры были в 2001 году. До настоящего времени более чем 30 выпускников получили степень магистрант, а также 20 магистрантов поступили в докторантуру и защитили диссертации по истории религии, келам, тефсир, история течения Ислама,хадис, мусульманские права, педагогика религии, философия религии,социология религии и стали докторами наук. С 2014-2015-уч.года Министерством образования КР по специальности 531600 «теология» проводится в ОшГУ . Для поступления в магистратуру абитуриент должен иметь квалификацию специалист или иметь степень бакалавра. Успешно окончившие магистратуру выдается диплом государственного образца и академическая степень магистр. Выпускники, получившие степень магистра по специальности теология могут преподавать в средних и высших учебных заведениях по религиоведению, истории религии, психология религии и т.д. Могут работать специалистами аналитиками по предотвращению деятельности экстримальных сект в государственных организациях по безопастности. В общественных организациях или СМИ экспертом или консультантом по вопросам религии. Редактором или прерводчиком в области религии в научно-сследовательных организациях,в типографиях или СМИ.В государственных или общественных структурах связанные с религией. (комиссия по религии, муфтият, казыят и т.д). Успешно окончившие магистры могут повышать свои знания в докторантурах, а также защитив свои диссертации по специальности теологии могут иметь научную степень. Руководитель программы магистров доктор философских наук, доц. Ажимаматов З.К. Исполняющий обязанности по программе магистров заведующий учебный отделением Кошубаева С.